Японские историки указывают, что как особое искусство нин-дзюцу сложилось не ранее конца XV в. Что оно собой представляло в период своего расцвета лучше всего показывает, пожалуй, знаменитая «энциклопедия» XVII в. по нин-дзюцу «Бансэнсюкай». Автор этой книги дзёнин организации ниндзя из Ига Фудзибаяси Ясутакэ разделяет шпионское искусство на 2 основных раздела: Ёнин («Светлое нин-дзюцу») и Иннин («Темное нин-дзюцу»). Ёнин – это уровень стратегии и тактики. Японские историки иногда называют этот раздел «дзуйно нин-дзюцу» – «нин-дзюцу головного мозга», поскольку в него входят методы организации шпионских сетей, анализа полученной информации, разработки долгосрочных стратегических планов на основе учета разнообразных факторов – политических, экономических, военных, географических и т.д., прогнозирование ситуации. Это уровень политика высшего эшелона, командующего армией и руководителя организации разведки и шпионажа – дзёнина.
   Иннин имеет дело с конкретными приемами добывания секретной информации. В него входят способы проникновения на вражескую территорию с использованием легенды, различные уловки для обмана бдительности стражи, приемы подслушивания и подсматривания, ускользания от погони и многое другое.
   Кроме того, в подготовку ниндзя входили и многочисленные вспомогательные навыки: хэнсо-дзюцу (методы переодевания), мономанэ-но дзюцу («искусство подражания» голосам и звукам), суйэй-дзюцу (плавание), хаягакэ-но дзюцу (скоростной марафонский бег) и т.д.
   Для эффективного выполнения заданий ниндзя использовали различные специальные инструменты (нинки, нингу): приспособления для подъема на стены, разнообразные плавсредства, воровской инструмент.
   Несколько особняком стоит применение зажигательных смесей, взрывчатки и огнестрельного оружия – искусство ка-дзюцу, которому в «Бансэнсюкай» посвящен отдельный том.
   Характерно, что «Бансэнсюкай» не описывает никаких приемов рукопашного боя – ни с оружием, ни без него. Дело в том, что нин-дзюцу как искусство шпионажа имеет совершенно особую сферу применения и особые методы. Это отдельная дисциплина, не включающая в себя приемы поединка. Однако это вовсе не означает, что ниндзя вообще не изучали так называемые «боевые искусства» – фехтование мечом, копьем, стрельбу из лука, борьбу без оружия. Дело в том, что обучение во всех классических школах носило комплексный характер. Например, в Тэнсин Сёдэн Катори Синто-рю изучалось кэн-дзюцу (фехтование мечом), иай-дзюцу (методы молниеносного выхватывания меча для атаки или контратаки), нагината-дзюцу (техника боя алебардой), бо-дзюцу (фехтование шестом), со-дзюцу (приемы боя копьем), сюрикэн-дзюцу (метание лезвий), кумиути (борьба в доспехах) и другие искусства, в одном ряду с которыми стоит и нин-дзюцу, или собственно искусство шпионажа и разведки.
 
   Таким образом, нин-дзюцу предстает как целостная система стратегического шпионажа и войсковой разведки, располагающая тщательно разработанной теорией, богатым арсеналом приемов, оригинальной методикой подготовки агентов, опирающаяся на использование большого арсенала специальных технических средств, сложившаяся в Японии в конце XV – первой половине XVII вв.