Если поразмыслить о причинах возникновения кланов, занимавшихся нин-дзюцу в уезде Кога, следует обратить внимание на два важных момента. Во-первых, в самом сердце Кога находится гора Иидзака, на которой издревле занимались своей религиозной тренировкой последователи сюгэндо. Во-вторых, в древности уезд Кога входил в уезд Ига, поэтому многие семьи из Кога имели родственные связи с жителями Ига.
   Когда именно уезд Кога выделился из уезда Ига точно неизвестно, но, вероятно, произошло это в период Нара. В память о принадлежности к Ига новый уезд получил название, отличающееся только на один первый иероглиф, и посему в слове «Кога» нет никакого смысла. Однако даже после выделения Кога в отдельный уезд Ига и Кога сохранили много общих черт в обычаях и культуре населения. И вообще на протяжении всего периода феодализма в Японии эти две области были теснейшим образом связаны друг с другом. Например, в Кога большую роль играли семьи, связанные родственными узами со знаменитыми Хаттори из Ига, в частности, одна из 53 семей Кога так и называлась «Хаттори».
   Нин-дзюцу Кога и Ига, как полагают японские историки, восходит к одному и тому же источнику, а именно к ямабуси-хэйхо. В Кога основным центром практики ямабуси была гора Иидзака, облюбованная отшельниками в глубокой древности. До отделения Кога от Ига это был единственный центр сюгэндо на севере Ига. Только позже в 49 деревнях Ига появились храмы ямабуси, которые, согласно легенде, были построены Кукаем, основателем «тайного учения» школы Сингон. Таким образом, военное искусство Кога и Ига, и нин-дзюцу в том числе, проистекает от ямабуси с горы Иидзака.
   Но в политическом отношении, начиная с периода Камакура, ситуация в Ига и Кога сильно различалась. В то время как в Ига коалиция дзи-дзамураев смогла потеснить позиции буддийских монастырей и подчинила себе почти всю провинцию, уезд Кога после вхождения в провинцию Оми оказался во власти сюго этой провинции, обладавшего значительной военной силой. Поэтому дзи-дзамураи из Кога утратили свою самостоятельность и превратились в вассалов рода Сасаки.
   Первым сюго провинции Оми был Сасаки Садацуна, один из крупных военачальников сёгуна Минамото Ёритомо. Отец Садацуны в период войны Гэмпэй сражался в провинции Оми с Хиратой Иэцугу, сторонником Тайра и сложил свою голову в бою. За подвиги, совершенные в сражениях с Тайра, Сасаки получили важнейший пост сюго провинции Оми, который стал передаваться из поколения в поколение в их семье.
   В конце периода Камакура главой рода Сасаки стал выдающийся полководец Такаудзи, который известен в истории также под своим монашеским именем – Сасаки нюдо Доё. Он очень умело использовал шпионов, набирая их среди жителей Кога и все более и более укреплял положение рода Сасаки. Начиная с этого периода, кланы ниндзя из Кога стали действовать как единая организация под командованием Сасаки Такаудзи и, по-видимому, именно к периоду его правления относится возникновение знаменитой коалиции госи из Кога, которая получила название «53 клана Кога».