Третьим крупнейшим центром нин-дзюцу, после провинции Ига и уезда Кога, была провинция Кии, породившая две мощные школы – Нэгоро-рю и Сайга-рю. Их возникновение напрямую связано с деятельностью воинов-монахов – сохэй.
   Монастырь Нэгоро-дзи был одним из крупнейших и богатейших монастырей в Японии. К XVI в. в Нэгоро-дзи было 2700 ученых монахов, а по количеству сохэев он соперничал со знаменитыми храмами горы Хиэй.
   Все монахи Нэгоро-дзи делились на две группы: гакурё, или «ученых монахов», и гёнин, или «бродяг», которые и занимались военным делом. Во второй половине XVI в. во главе гёнинов из Нэгоро стояли «4 священнослужителя» (сибо) – Сугинобо, Ивамуробо, Сэнсикибо и Акаибо, которым подчинялись еще 27 «знаменных предводителей» (хатагасира). «4 священнослужителя» были весьма умными и талантливыми полководцами. Во всяком случае, когда в Японии появилось огнестрельное оружие, они одними из первых сумели оценить его достоинства и быстро снабдили им своих воинов.
   Монастырская братия Нэгоро-дзи отличалась особенно крутым нравом и еще в середине XV в. приобрела славу отъявленных головорезов. Португальский миссионер Гаспар Вилела, в середине XVI в. посетивший Японию, оставил довольно объективное описание жизни монахов из Нэгоро-дзи, фактически превратившихся в военных наемников, проводивших свое время в развлечениях, роскоши и занятиях воинским искусством, нимало не заботясь о спасении души. Вилела отметил также высочайшее качество вооружения монахов из Нэгоро-дзи. Другой европейский миссионер, Луиш Фройш, писал, что монахи Нэгоро были одевались словно воины-миряне, не брили головы и были чрезвычайно искусны в обращении с мушкетами и луками.
   Вокруг монастыря Нэгоро-дзи сплотилась целая коалиция окрестных феодалов. Так возник союз Нэгоро-икки. Сфера влияния Нэгоро-икки распространялась на северную часть провинции Кии и юг провинций Идзуми и Кавати. Кроме того, отряды Сэнсикибо включали в себя также семью Цутихаси из соседнего района Сайга и многих младших членов семей богатых крестьян с юга Идзуми.
   Еще с конца XIV в. сохэи из Нэгоро стали принимать активное участие в междоусобных войнах. Особенно часто Нэгоро-икки выступала на стороне рода Хатакэяма, который занимал пост сюго провинции Кии. В 1570 г. бойцы из Нэгоро-дзи в составе армии Оды Нобунаги участвовали в осаде крупного монастыря Исияма Хонган-дзи. По сведениям источников, они были вооружены 3000 мушкетов – весьма большое число ружей для тогдашней Японии.
   Монастырь Нэгоро-дзи стал местом рождения школы нин-дзюцу и хо-дзюцу  Нэгоро-рю. Ее основателем был один из «4-х священнослужителей» Сугинобо Мёсан. Его старший брат Цуда Кэммоцу Кадзунага изучал искусство стрельбы из ружей на острове Танэгасима, куда португальцы впервые ввезли ружья. Вернувшись на родину в провинцию Кии, Кэммоцу поселился в Нэгоро-дзи и отдал приказ об изготовлении ружей семье кузнецов Сибацудзи, дом которых находился перед воротами монастыря. Вскоре сохэи из Нэгоро-дзи стали искусными стрелками, а Сугинобо Мёсан основал школу Нэгоро-рю, специализировавшуюся в хо-дзюцу, ка-дзюцу и нин-дзюцу. Ему же приписывается и создание легкой переносной деревянной пушки. Поскольку сохэи из Нэгоро едва ли не самыми первыми в Японии овладели стрельбой из огнестрельного оружия и изготовлением мушкетов, они превратились в столь грозную военную силу, что многие даймё предпочитали иметь их на своей стороне и платить за это большие деньги, нежели столкнуться с ними на поле боя. С тех пор всех выходцев из Нэгоро стали считать первоклассными стрелками и оружейниками.
   В рамках школы нин-дзюцу Нэгоро-рю родилась более мелкая, но не менее активная школа Нэгоро Дэнко-рю, которая была основана Нэгоро Дэнко, изучавшим нин-дзюцу у сохэев из Нэгоро-дзи.